UCSD的学士学院系统是该校的一个特色。其组织方式是从牛津大学和剑桥大学引用过来的，有点与圣塔克鲁兹加州大学和普林斯顿大学大学类似。每个学院有它自己的校园和学生宿舍，其学科也各不相同，每个学院的学科要求和学术哲学也各不相同。 UCSD有六个这样的学院：1964年建立的罗杰·瑞威学院是该校的第一个学院，其主要方向是经典的文学艺术。1967年建立的约翰·缪尔学院是第二个学院，提供松散的基本教育。1970年建立的瑟古德·马歇尔学院强调合作和多文化主义。1974年建立的厄尔·沃伦学院强调全面化的教育，同时要求其学生选择两个不相关的学科作为主科。1988年建立的埃莉诺· 罗斯福学院强调全球化，其教育结合文化和跨学科，包含西方和非西方的文化。2002年建立的第六学院强调文化、艺术和技术中的历史和哲学联系。 UCSD还有以下主要几个院系：生物科学系、物理科学系、社会科学系、硕士学院和专业学院：国际关系与太平洋研究学院、研究院、雅克布斯工程学校、雷迪管理学院、医学院、斯卡格斯药剂学和药剂科学学校。此外，UCSD还有三个研究中心：斯克利普斯海洋研究所、圣地亚哥超级计算中心、加州电信及信息科技学院。