该校共设7个学院：人文与科学、地球科学、工程学、医学、法律、商业、教育等。学生中，大学生与研究生几乎各占一半。斯大的主要学术机构，除胡佛研究所和体育运动娱乐部外，还有商业研究生院，法学院，教育学院，工学院，地球科学学院，文理学院，医学院等。
现设有8个研究生院，即商业研究生院、地球科学学院、教育学院、工程学院、人文学和自然科学学院、跨学科专 业学院、法学院、医学院。附属的重要科研机构和实验室有：斯坦福直线加速器实验室，胡佛战争、革命与和平研究所，霍普金斯海洋研究站，斯坦福电子实验室，物理实验室，国际问题研究中心，能源研究所。
商学研究部(Stanford Graduate School of Business)成立於一九二五年，致力於培养企业领袖与研究新知。所开的学位课程分为三大类：一般的企管硕士(MBA)、在职主管管理硕士 (M. S. in Management)及博士学位 (Ph. D.)。每年录取三百六十位全时MBA学生，三项标准决定录取资格：优异的学术性向、在管理界发展的潜力、学生受教和贡献的可能性。学生所就读大学的竞争力、大学主修和在学成绩是决定学术性向的重要因素。GMAT是必备条件，用来衡量学生性向，但是并没订定绝对的「录取」或「不录取」分数。
重点学科：
斯坦福大学企业管理研究所和法律学院在美国数一数二，法学院在美国法学院排名中也一直位于前列。美国最高法院的9个大法官，有6个是从斯坦福大学的法学院毕业的。另外，它的英语、心理学、政治和历史系，都非常优秀。在学生中，最多人修读的科目要算生物，由此可见，生物学科的实力也十分深厚。
最多人修读的科目是生物，其次是经济、心理学、英文、政治科学。
在全美大学研究生院排名中，斯坦福大学的工程学院和教育学院排名第2，商科研究生院与哈佛大学并列第1，其他名列前茅的课程还有心理学、大众传播、生物化学、经济学和戏剧等。